Все правильно, если у вас полный бекап проекта выкачанный на компьютер и вы хотите его загрузить снова на фтп для восстановления сайта, вам нужно обратиться в службу технической поддержки с Панели управления вашим сайтом (Помощь - Служба поддержки), где описать ситуацию и попросить расширить лимит мб для загрузки копии если конечно вы не хотите создать клон вашего сайта так как это запрещено в системе.