Если к вашему сайту прикреплен домен второго уровня вида site.ru вам нужно перейти в файловый менеджер найти почти в самом низу файл robots.txt напротив которого нажать на иконку ключика / карандаша, файл откроется на редактирование и в самый низ прописать директиву:
Host: site.ru
где вместо site.ru ваш домен без http:// и без крайнего слеша, чисто название домена. Если у вас к сайту не прикреплен купленный домен, эта директива ненужна для вашего сайта, только для сайтов с купленным доменом и в таком случае сообщение яндекса в вебмастере можно игнорировать и не бояться за санкции или что еще прочее.
Контент-модули
Продвижение сайта
Управление сайтом