Прежде всего, посещая ваш сайт робот видит что главная у вас магазин, он определяет системный редирект с http://igrushkanaelku.ru/shop на http://igrushkanaelku.ru/ и добавляет первым делом разделы:
- shop так как это главная у вас
- index так как далее это у вас основной модуль для страниц обратной связи и о сайте
о том почему яндекс надублировал разделы, это уже точно вопрос к яндексу и к тому как их робот строит уровни вложений так как этого не понять никому кроме как тем кто создавал алгоритм по какому принципу данный робот должен сканировать разделы и как строить и в каком порядке.