Если товары деактивировались, вероятнее всего там наличие 0 и у вас в Настройки модуля в Интернет-магазине отмечен пункт - Автоматически скрывать товар после продажи последнего экземпляра. В итоге товары автоматически деактивируются, но там же и есть пункт - Автоматически активировать товары при появлении их на складе. По сути, это удобный функционал чтобы покупатель который пришел за товаром не видел те товары которых нет в наличии, как только товары на складе появляются, товары автоматически снова активируются.
- В том случае если наличие на складе есть, пункт - Автоматически активировать товары при появлении их на складе, у вас активирован и проблема все еще не решена, пишите в техподдержку с Панели управления сайтом пункт - "Помощь" - Служба поддержки - Бесплатная поддержка.