Да, вы правильно понимаете, но еще и можно так:
<link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$<?substr($ENTRY_URL$,1)?>" />
<link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$<?substr($CAT_URL$,1)?>" />
<link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$<?substr($SECTION_URL$,1)?>" />
тогда вручную писать урл сайт не нужно.