Question

Мой старый сайт был на платном домене и когда домен не был продлён,

сайт вернулся на ЮКОЗовский домен 3-го уровня.

И ... попал в карантин как будто он новый!?

Answer 1

1. Все верно, после прикрепления домена к сайту стандартный домен по умолчанию запрещается к индексации. 
2. Если вы хотите чтобы и первый и второй домен были доступны к индексации, в Общих настройках сайта есть такой пункт - Разрешать индексацию по обоим доменам.
3. О каком домене речь? вы домен открепили от сайта или он еще прикреплен и просто отключено перенаправления со стандартного на прикрепленный домен?