Удалять не нужно если вы планируете далее торговать подобными товарами. В будущем товары снова будут в наличии, вы сделаете категории и товары снова видимыми. А если удалите тогда потеряете позиции по данным товарам если у вас временно нет товара в наличии, оставьте как есть, пусть пока будут скрытыми.