Перейдите в вебмастер Яндекса и смотрите в разделе Безопасность, вы должны увидеть сообщение, какие ссылки вы используете у себя на сайте:
Вредоносный код: обращается по адресам, которые находятся в чёрном списке Яндекса, как распространители вредоносного ПО;
Имеется ввиду, что вы может где-то в материалах ссылайтесь на сайты которые внесены в черный списко яндекса либо в коде сайта используете скрипты которые загружены на данные сайты. В общем смотрите вебмастер яндекса, на какой именно сайт яндекс ссылается.
Контент-модули
Продвижение сайта
Управление сайтом