Question

Добавил прайс, товары в разных категориях , и категории в разнобой 
В чем причина? Если при импорте стоит загрузка в отедьную папку даже

Answer 1

Все правильно, если не было идентичных категорий (подкатегорий) созданных при импорте прайса YML ранее, а были они созданы вручную, при выгрузке с YML категории будут созданы заново автоматически.