можно в настройках прав групп запретить скачивание файлов с удаленного сервера или из шаблонов удалить код
<?if($RFILE_URL$)?> · <a href="$RFILE_URL$" target="_blank"><!--<s5224>-->Скачать удаленно<!--</s>--></a> ($RFILE_SIZE$)<?endif?>
первое можно сделать, если ссылки актуальны и их надо оставить. второй случай, если ссылки неактуальны и больше не нужны. в любом случае со стороны поисковых систем проблем не будет из-за этого точно