Например как закрыть модуль новости либо каталог файлов, в файл Robots.txt добавляем соответствующие директивы:
Disallow: /news/ - Новости
Disallow: /load/ - Каталог файлов
Disallow: /publ/ - Каталог статей
Disallow: /dir/ - Каталог сайтов
Disallow: /board/ - Каталог объявлений
Disallow: /blog/ - Блог
Это небольшой пример. Перед закрытием очень хорошо обдумайте стоит ли закрывать, если модуль пустой и активирован, закрывать не стоит так как индексироваться там ничего не будет если вы об этом беспокоитесь.