В данном случае в роботс писать ничего не нужно, только в шаблонах нужно проделать правки. Ту диорективу верните которую ранее удалили чтобы главная индексировалась. Чтобы от главной и далее, в модуле новости и блог в странице архиве в блок хеад прописать:
<?if($PAGE_ID$='category')?>
<?ifnot($CURRENT_PAGE$=='1')?>
<link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$" />
<meta name="robots" content="noindex, nofollow"/>
<?endif?><?endif?>
для модулей каталогов, в категориях в блок хеад прописать:
<?if($PAGE_ID$='category'||$PAGE_ID$='section')?>
<?ifnot($CURRENT_PAGE$=='<span class="currentPage79">1</span>')?>
<link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$" />
<meta name="robots" content="noindex, nofollow"/>
<?endif?><?endif?>
после нужно выждать время, не неделя и не две, а больше месяца чтобы роботы успели выкинуть страницы с выдачи.