1. Попробуйте вот так:
<?if(!$USER_LOGGED_IN$)?>
<script type="text/javascript">
$('.eText a').after('<a href="/index/3">Доступно только для пользователей</a>').remove();
</script>
<?endif?>
2. Вы наверное ошиблись, но в каталоге статей нет поля ссылка на скачивание, там есть поле - Ссылка на источник материала
Если вы именно им и пользуетесь, то на странице материала и комментариев код должен быть примерно таким:
Сейчас у вас стоит такой код:
<!--<s5174>-->Источник<!--</s>-->: <a href="javascript://" rel="nofollow" onclick="window.open('$SOURCE$');return false;">$SOURCE$</a><?endif?>
Должен быть примерно таким:
<!--<s5174>-->Источник<!--</s>-->: <a href="javascript://" rel="nofollow" onclick="window.open('$SOURCE$');return false;"><a href="$SOURCE$">сайт разработчика</a><?endif?>