В шаблоне главной каталога (так же в шаблоне категории и раздела) в блоке хеад разместите условие:
<?if($PAGE_ID$='category'||$PAGE_ID$='section')?>
<?ifnot($CURRENT_PAGE$=='<span class="currentPage79">1</span>')?>
<link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$" />
<meta name="robots" content="noindex, nofollow"/>
<?endif?><?endif?>
это условие позволит не индексировать остальные страницы дубли у категории кроме первой страницы из-за чего и ругается поисковик на дубли. У вас в шаблоне главной модуля в блоке хеад имеется метатег:
<meta name="robots" content="index,follow">
его удалите, в нем нет необходимости.