Да, нужно. Нужно чтобы в вебмастере было два сайта, по http и по https. Не нужно лишь в том случае, если вы только создали сайт и сразу прикрепили сертификат и только добавляете сайт в вебмастер. В вашей же ситуации нужно чтобы были оба сайта и чтобы корректно произошла смена зеркала и переклейка урлов.