на главной магазина в панели управления - импорт товаров есть быстрое обновление цен и асортимента . работает с конфигурацией. по идее не должны в таком случае слетать даже теги. и товары не будут удалены. в настройках интернет магазина можно настроить работу с прайсами. см настройки
Обновление цен из прайс-листов и
Загрузка прайса из Excel-файла
теги слетают когда вы перезаливаете прайс. это происходит потому что обновляются товары в магазине.
неактивны могут становиться из-за остатков. см настройки выше.
ответ на 3 вопрос. скорее всего слетят