Дело в том, что при выборе нового шаблона, таблица стилей остается от старого, соответственно вы переходите в таблицу стилей и без внимания не замечаете, что там стили старого шаблона.
При попытке изменить стили и при сохранении, вы применяете их к текущему шаблону и соответственно дизайн искажается.
А решение очень простое, после смены шаблона на новый, вам нужно перейти в Панель управления - Главная - Дизайн - Управление дизайном(CSS), далее в верхнем правом углу нажать на кнопку - Восстановить стандартный шаблон.
Только после этого, вы можете не беспокоясь вносить что-то свое в CSS и старый шаблон не появится и ничего не исказится.