Предоставьте, пожалуйста, скриншот с вебмастера Яндекса, нужно видеть конкретно то сообщение которое он вас выводит. С того, что я вижу сейчас, у вас всё хорошо с сертификатом. Может Яндекс ругается на отдельные страницы? Возможно сбой на стороне функционала вебмастера.