Попробуйте заменить скрипт:
<script>
$('#slider').flexslider({
animation: "slide",
slideshowSpeed: 10000,
directionNav: false
});
</script>
на:
<script type="text/javascript">
jQuery(window).load(function() {
jQuery('#slider').flexslider({
slideshowSpeed: 400,
animationSpeed: 400,
});
});
</script>
заначение 400 это скорость.