Перейти в Панель управления - Главная - Дизайн - Конструктор меню, далее вручную добавляем пункты меню которых нет(перетягиваем с помощью мыши в пункт - Новости сайта - применить - сохранить), URL адрес страниц копируем перейтя по страницам в управлении страниц модуля - Редактор страниц .
При создании страниц, они добавляются в меню как обычная страница(не вложенной подстраницей как в управлении страницами модуля Редактор страниц) если вы при создании не убираете в самом низу в Опциях материала галочку с пункта - Добавить ссылку на страницу в главное меню сайта.
Сделать вложенными можно лишь вручную перетянув и вложив в соответствующие пункты меню.
Для удаления, аналогично перейдя в Панель управления - Главная - Дизайн - Конструктор меню, находим пункты меню, страницы которых вы давно удалили, удаляем - применяем и сохраняем, вот и все.