Исправляйте код блоков как в первом так и втором контейнерах, он у вас должен быть по примеру:
<!-- <block1> -->
<?if($SMENU_1$)?>
<div class="block">
<div class="blocktitle">
<div class="blocktitle-inside">
<!-- <bt> --><!--<s5184>-->Меню сайта<!--</s>--><!-- </bt> -->
</div>
</div>
<div class="blockcontent">
<div class="blockcontent-inside">
<!-- <bc> -->$SMENU_1$<!-- </bc> -->
</div>
</div>
</div>
<?endif?>
<!-- </block1> -->
это пример для меню, вы исправляйте для всех других блоков, номер block1 для новых блоков должен быть свой отдельный.