1. Вам нужно оптимизировать страницу 404 как вам и пишется в отчете.
Добавить меню, с помощью HTML тегов прописываем вручную и стилизируем с помощью CSS.
Поиск так же можно встроить и он будет работать, в html вставить код:
<form action="/search/" style="margin:0" method="get" onsubmit=
"this.sfSbm.disabled=true">
<div class="schQuery" align="center">
<input class="queryField" type="text" size="20" maxlength="30" name="q">
</div>
<div class="schBtn" align="center">
<input class="searchSbmFl" type="submit" value="Найти" name="sfSbm">
</div>
</form>
2. Далее в шаблоне, а именно в титле, за вывод этого же названия отвечает код - $SITE_NAME$. Рекомендовал бы в странице архива новостей и на странице комментариев с титла вовсе удалить данный код, после много дублей исчезнет.
3. Оптимизация сайта. Далее напоследок поработать с h1, ознакомьтесь с материалом - http://forum.ucoz.ru/forum/21-38960-1
Если это новости сайта как в вашем случае, перейти в шаблон - Страница материала и комментариев, далее найти код:
$ENTRY_NAME$
Который и заверните в h1.