Меню справа - выводится переменной $SMENU_1$ - это системное меню, пункты в которое добавляются через Конструктор меню. А меню в верхней части сайта написано в шаблоне Верхней части сайта.
Сменить расположение пунктов этих двух меню можно только "вручную", поместив переменную в Верхнюю часть сайта, а написанный код верхнего меню переместить в новосозданный блок в Правом контейнере. Но расположение (внешний вид) необходимо будет править с помощью CSS.