Вижу у вас в индексе гугла 2 тыс страниц в поиске. В том случае если у вас были определенные страницы в топе по некоторым ключам, далее вы применили настройки сео модуля - уникальные title, description
Материалы могли потерять позиции лишь из-за того, если в рейтинговых материалов вы сменили титли.
Но титл сам посебе не мог измениться лишь из-за активации поля - уникальные title, description. Кроме еще нужно было в соответствующих модулях произвести замену условий для вывода тилов, читаем материал.
В общем, ситуация я выше описал и что могло к этому привести, если вы титлы не меняли, увы, причина не в сео модуле.