Файлы загружаются в системную папку _ld, доступ к которой не доступен из файлового менеджера.
Чтобы узнать, где находится файл, загруженный при добавлении материала в каталог файлов просто перейдите на страницу редактирования материала и наведите курсор на ссылку с файл-архивом

Там же вы можете изменить или удалить файл-архив.