Мой антивирус показывает, что основная страница index.html загажена вирусом.
Предоставьте скрин оповещения антивируса о вирусе. Назовите свой антивирус.
Сейчас, после того что вы перезалили страницы, сложно гадать что там было. Можно узнать только по данным блокировки антивируса. Сейчас на сайте чисто. Чтобы снять предупреждение с Google, войдите в вебмастер Гугла Безопасность. Нажмите на пересмотр страницы. Ждите от нескольких минут до 10-и дней
На будущее, чтобы не возникало сюрпризов подобного рода. Меняем пароль на FTP. Ставим сложнейший набор цифер и буков и забываем его. Перед каждым использованием FTP задавайте новый сложнейший пароль и после использования меняйте его. Естественно в FTP клиентах не стоит сохранять пароли