Для поисковика это новый сайт.
В алгоритме ранжирования поисковиков есть пункт, чем больше ссылок на ваш сайт с других сайтов, тем он выше в поисковой выдаче. На прикрепленный (раскрученный) домен ссылалось много других сайтов и поэтому посещаемость была высокой. После того как вы открепили домен, а другие сайты продолжают ссылаться на прикрепленный.
Например,
tolkomultiki.at.ua - 0 внешних ссылок, тИЦ 0, PR 0
tolkomultiki.ua - >5000 внешних ссылок, тИЦ 50, PR 2
для поисковиков это разные сайты. Сайт с доменом второго уровня будет показываться выше в поисковой выдаче, чем сайт с доменом третьего уровня.
Открепление уже раскрученного домена второго уровня - это не очень хорошая затея. По сути, вам придется заново практически с 0 раскручивать ваш сайт.