Для пользователей можно создать профиль и прописать условие в котором будет выводиться уведомление если имеется новое непрочитанное сообщение.
Что-то на подобии:
<?if($USER_LOGGED_IN$)?>
<a href="$PM_URL$" rel="nofollow" target="_blank" title="Личные сообщения">
У вас $UNREAD_PM$ сообщен
<?if($UNREAD_PM$%10=0||$UNREAD_PM$%10>4||$UNREAD_PM$%100>10&&$UNREAD_PM$%100<15)?>ий<?else?>
<?if($UNREAD_PM$%10=1)?>е<?else?>я<?endif?><?endif?></a><?endif?>
но под это советовал бы создать отдельный блок в котором поместить данное условие либо где-то в шапке сайта все это выводить в нужном вам месте.
Условие выше будет работать как-то так:
посмотрите скрипт профиля для сайта - здесь, в вашем случае это выход с ситуации, либо просто использовать условие которое выше.