Не нужно удивляться, какие модули были активированы, для них был установлен шаблон. Те модули которые были отключены и активированы уже после установки шаблона будут иметь дизайн тот, что указан в общих настройках сайта(стандартный).
Как установить текущий шаблон для модулей, что были активированы после установки шаблона? Создаем тестовый сайт для опытов, заранее активируем все модули. После идем в Конструктор шаблонов и вставляем код с архива шаблона файл - tmpl.txt, жмем кнопку - Создать шаблоны.
После переходим в Дизайн - Управление дизайном и находим тот модуль который вы активировали на сайте оригинале, копируем коды всех страниц шаблонов модуля и по очереди переносим на действующий сайт и сохраняем по очереди.
На тест сайт не нужно загружать изображения и все остальные файлы шаблона, просто код для конструктора шаблонов и все. После завершения переноса кода для нужных модулей, можете смело возвращать стандартный шаблон для тест сайта, либо оставьте для дальнейших опытов чтобы не портить действующий шаблон на сайте оригинале.