Все правильно, так и будет, восстановится стандартный шаблон с файлом стилей шаблона который выбран в общих настройках.
Это нужно было понимать еще до решения удалить модуль, после повторной активации так и будет.
Выход с ситуации: Создаете тестовый сайт, активируете в нем все модули, далее ставите на нем тот же шаблон, что у вас на сайте оригинале(действующем), далее идете в ПУ и перекопируем шаблоны нужных страниц заменяя старый шаблон в идентичной странице на сайте оригинале.