Попробуйте перейти на сайт Яндекс Метрики -
https://metrika.yandex.ru/list/ где вручную добавить счетчик после чего установить готовый код либо в нижней части сайта либо в боковом контейнере.
В большей мере постоянно так делаю, так как инструменты которые создают счетчик на автоматике с панели управления не всегда делают все как положено и устанавливают счетчик в том месте где нельзя им управлять или сместить в другое место итп. Вручную всегда лучше, надеюсь у вас все получится
Если все же будут проблемы, уточняйте, попытаемся помочь.
Контент-модули
Продвижение сайта
Управление сайтом