Конечно можно, почему нельзя, вот проверил у себя в блоге как пример, скриптом одной строкой все делается, для более точного ответа нужна ссылка на страницу где можно увидеть у вас данный блок похожих материалов.
Как пример для моего блога это делается вот таким скриптом:
<script type="text/javascript">$('li.uRelatedEntry a').attr("rel", "nofollow");</script>
помещается на странице комментариев соответствующего модуля перед тегом </body> у вас же блок завернут в другой класс и соответственно в скрипте нужно все это учесть.