Это можно реализовать с помощью информера категорий, заменив им меню категорий.
На пример у меня в каталоге статей работает информер созданный в ПУ стандартным способом, только я в него добавил условие
<?if($CID$&&$NUM_DATA$='0')?><style>#cid$CID$ {display: none;}</style><?endif?>
Условие проверяет количество материалов, если ноль то выполняется стиль. У меня работает нормально. Пробуйте. Если сами не сможете обращайтесь, поможем.