Question

можно сделать, чтобы обычный пользователь заходил в админку сайта в файловый менеджер и загружал файлы но, чтобы остальное ничего не смог сделать,

Answer 1

Это нельзя делать ни при каких обстоятельствах. Даже думать об этом нельзя. Но при этом пользователи могут заливать файлы в прикрепления к материалам. В модуле Катало файлов и Доска объявлений например есть возможность крепить файлы к материалам