Question

Если я удалю одно к примеру дополнительное поле 1 там раньше добавлялись разные ссылки и потом опять востановлю те ссылки изчезнут? если нет то как лучше очистить сразу материалы от этого поля?

Answer 1

Содержимое очистится лишь после удаления модуля, после простого отключения доп поля и повторной активации поле будет содержать то содержимое которое и было и никуда не денется придется редактировать и менять все вручную.

Answer 2

Если я вас правильно понимаю, вы решили выводить в поле нечто отличное от того что было, но тогда в прежних материалах это не будет вписываться. Вручную исправлять замучаетесь, но если вы решите оставить прежние правила заполнения поля в ранее добаленных материалах, а новые правила для вновь добавленных материалов, вам будет полезен материал. Там говорится о дополнительных полях, но думаю, что будет справедливо для любых полей. Это может выглядеть примерно так: 

<?if($Ваше поле$)?><?if($ID$>100)?>Новое: $Ваше поле$<?else?>Старое: $Ваше поле$<?endif?><?endif?>