Добавляя раздел вы добавляете раздел, никак не категорию, у вас два раздела которые выделены жирным шрифтом именно так выделяются разделы в новой ПУ.
Чтобы добавить категорию в раздел, ставим галочку напротив нужной категории которую вы хотите переместить в раздел:

жмем кнопку Изменить, далее увидим следующее:

как видим, системно расположение для категории указано в Корень, то есть нейтральное расположение вне разделов, редактируя данным способом, выбираем нужный вам раздел ниже в списке и сохраняем изменения.
Вот таким способом добавляются категории в разделы, да, это как-то нелепо сделано и требуется простая доработка, чтобы можно было вложить в разделы категорию простым перетягиванием категории как это реализовано в меню.
Предложу разработчикам новой ПУ данный момент доработать.