Если все равно не позволяет создать, значит файлов все еще много, удалите 5-10 файлов заранее сохранив их перед этим.
После создавайте папку внутри которой создайте 10-к подпапок на будущее чтобы не было проблем с лимитом и в данные папки загружайте файлы.