Если категории выводятся оператором - $CATEGORIES$ ссылки останутся абсолютными и их не изменить на относительные, так как содержимое генерируется системно в автоматическом режиме.
Выход лишь один, написать свое меню категорий вручную где вы сможете прописать ссылки как вам нужно либо чтобы переделать текущее системное, без использования скриптов здесь точно не обойтись чтобы подменять ссылку, но это лишнее, ради такой мелочи писать скрипт.