Возможно, Вам поможет вот что:
Панель управления - Главная - Раскрутка сайта - Яндекс.Метрика - настройки - Автоматически добавлять код счетчика на страницы сайта (напротив данного пункта убрать галочку и сохранить изменения).

Счётчик должен "исчезнуть" из того места, в котором он находится на Вашем сайте.
После этого код информера счётчика вставляете в нужное Вам место и он именно там и появится.
Ну, а код самого счётчика - как водится, должен находиться в верхней части кода страницы.