Немного освободить одну из папок, удалить штук 10 файлов которые сохранить перед этим на компьютер, после в этой же папке создайте 10-к новых папок и загружайте в них файлы. Не забивайте корень сайта файлами, можно создать 5 папок и в них внутри 10-ки дополнительных подпапок по разным тематикам и никогда не будет стоять вопрос, не могу создать папку.