Чтобы решить данную проблему, советовал бы установить в шаблон страницы категории и раздела в блоке <head>сюда</head> следующее условие:
<?if($PAGE_ID$='category'||$PAGE_ID$='section')?>
<?ifnot($CURRENT_PAGE$=='<span class="currentPage79">1</span>')?>
<link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$" />
<meta name="robots" content="noindex, nofollow"/>
<?endif?><?endif?>
данное условие позволит индексироваться для категорий и раделов лишь первой странице, а не всем 50 либо 100 или 200 если их столько есть в одной категории и в итоге дубли исчезнут.