Обработчик не смог понять, что эти категории ранее были созданы и их нужно обновить, а не создать заново.
Вот такой вариант попробуйте:
1. Категории, которые сейчас стоят как надо (в дереве) скройте и переместите куда нибудь в самый низ списка категорий
2. Новые категории поместите в дерево и расположите как должно быть
3. Из скрытых категорий в новые переместите все товары
4. Обновите прайс и проверьте, все ли корректно работает.
Для всех манипуляций Вам понадобится раздел "Управление категориями" и "Управление товарами"
Не очень простое решение, но поможет не страдать от этого в будущем.