Здравствуйте, Алексей.
А Вы пробовали прайс, который на скриншоте, загрузить обратно в магазин, но внести при этом в него коррективы касающиеся дублированных категорий? Мне это помогало.
Другой вариант, категорию, которая дублируется, можно скрыть, а товары из нее переместить в первую категорию. Она, конечно, так и будет болтаться в скрытых, но при этом не будет пользователям видна.