Порядок действий такой:
1. Идет в ПУ - настройки модуля интернет магазин и включаем учет остатков:
2. Для тех товаров, у которых должно быть true ставим поле "Остаток" в управление товарами какое-нибудь число. У кого будет ноль, меньше нуля или любой текст - false
3. Делаем экспорт в YML и проверяем файл