Порядок действий такой:
1. Идет в ПУ - настройки модуля интернет магазин и включаем учет остатков:
![](http://i.imgur.com/m0rBboD.png)
2. Для тех товаров, у которых должно быть true ставим поле "Остаток" в управление товарами какое-нибудь число. У кого будет ноль, меньше нуля или любой текст - false
![](http://i.imgur.com/7cNI8ly.png)
3. Делаем экспорт в YML и проверяем файл
![](http://i.imgur.com/w16x2dV.png)
![](http://i.imgur.com/jJfKbn3.png)