Если подобная ситуация имеет место быть, стоит писать в Тех поддержку с Панели управления сайтом пункт - "Помощь" - Служба поддержки - Бесплатная / Платная техподдержка. В обращении объяснить ситуацию, когда это случилось (примерную дату сообщить и время) и навести примеры какие файлы или папки исчезли и сколько там файлов было. После ожидать ответ от техподдержки.