Если категории создавались вручную, в такие категории с прайса товары автоматически не выгружаются, так устроен функционал магазина. Если выгружаются товары, то лишь в категорию которая автоматически создавалась при импорте с прайса. Попробуйте выгрузить товары с прайса и после перенести все товары с текущей категории которая есть в категорию дубль которая создается при импорте товаров и так вы проблему решите и на будущее при импорте товаров уже не будет проблем с выгрузкой.