Вы можете создать папки в файловом менеджере.
Заливать такое большое кол-во файлов лучше всего через FTP (пароль к FTP вы можете поставить у панели управления).
Посетители смогут смотреть файлы из папки, если у них есть наних прямая сссылка вида
site.ru/img/kartinka.png
А вот именно просмотреть папку у посетителей не получится.