Question

Как поисковая система относиться к одинаковым шаблонам? у меня три сайта разной тематики и у них шаблон один и тот же, но внешний вид у них разные.

Answer 1

Вы сами только что ответили на свой вопрос:

у меня три сайта разной тематики и у них шаблон один и тот же, но внешний вид у них разные.

Если шаблоны переделаны (допустим #1201 шаблон общий), то это нормально. Роботы считывают структуру, и все прочее (SEO в том числе). 

Comments

Прочтите материал - http://morgenn.ru/blog/vliyanie-dizajjna-sajjta-na-seo/ очень хорошо все расписано и ответ на свой вопрос так же найдете

Влияет даже не просто копия, а юзабельность, удобство при работе с дизайном(шаблоном).