В любом случае файлы сами не исчезают, либо вы удалили либо они сами не пропали бы.
В данном случае если вы уверены, что вы не удаляли, обращайтесь с данным вопросом в службу поддержки через Панель управления сайтом, либо через форму:
http://www.ucoz.ru/contact где детально объясните суть вопроса, когда пропали, какие именно файлы, сколько итп(возможно конкретные примеры названия папок или файлов). Все это лишь поможет ускорить решение вашего вопроса.